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/ Shareware Overload Trio 2 / Shareware Overload Trio Volume 2 (Chestnut CD-ROM).ISO / dir26 / med9409d.zip / M9490596.TXT < prev    next >
Text File  |  1994-09-24  |  4KB  |  60 lines
  1.        Document 0596
  2.  DOCN  M9490596
  3.  TI    A basis for new approaches to the chemotherapy of AIDS: novel genes in
  4.        HIV-1 potentially encode selenoproteins expressed by ribosomal
  5.        frameshifting and termination suppression.
  6.  DT    9411
  7.  AU    Taylor EW; Ramanathan CS; Jalluri RK; Nadimpalli RG; Computational
  8.        Center for Molecular Structure and Design,; University of Georgia,
  9.        Athens 30602-2352.
  10.  SO    J Med Chem. 1994 Aug 19;37(17):2637-54. Unique Identifier : AIDSLINE +
  11.  AB    Several previously unnoticed genes in the human immunodeficiency virus
  12.        type 1 (HIV-1), potentially encoding selenoproteins, have been
  13.        discovered by analyzing the genomic RNA structure and its relation to
  14.        novel open reading frames. We have found a number of new potential RNA
  15.        pseudoknots, including one in the long terminal repeat, several that
  16.        coincide with highly conserved enzyme active site sequences in the pol
  17.        coding region, and one in the env coding region. These pseudoknots can
  18.        potentially direct the synthesis of selenocysteine (SeC) containing--1
  19.        frameshift fusion proteins. This is possible because we have found
  20.        potential SeC insertion sequences (SECIS) in the RNA of HIV and other
  21.        retroviruses; such structures are known to be necessary and sufficient
  22.        for the incorporation of SeC at UGA stop codons anywhere in a eukaryotic
  23.        mRNA. In several locations, UGA codons in the -1 reading frame are
  24.        highly conserved across a broad spectrum of primate immunodeficiency
  25.        viruses. Due to the degeneracy of the genetic code, this conservation
  26.        cannot be explained by evolutionary selection of the pol gene protein
  27.        sequence alone. Such observations, combined with the conservation of the
  28.        associated reading frames, strongly suggest that these are real genes,
  29.        and thus that the pseudoknots are also real. A protease
  30.        pseudoknot-directed -1 frameshift fusion protein contains a highly
  31.        conserved SeC codon and has significant similarities to a number of DNA
  32.        binding proteins, including papillomavirus E2 proteins, suggesting it
  33.        may be a virally encoded repressor of HIV transcription when cleaved by
  34.        protease from the rest of the gag-pol gene product. A reverse
  35.        transcriptase (RT) frameshift fusion protein replaces the RT active site
  36.        with a highly conserved SeC-containing module. An integrase frameshift
  37.        fusion protein contains the N-terminal integrase DNA-binding domain and
  38.        a potential ATP-binding GKS motif; it has significant similarities to
  39.        several helicases, but no SeC codons. A potential frameshift fusion
  40.        protein from env has one SeC codon, but not in a highly conserved
  41.        position. SeC incorporation could extend the nef gene product by 33
  42.        residues through the C-terminal UGA codon without frameshifting,
  43.        potentially leading to substantial SeC utilization in infected
  44.        cells.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)
  45.  DE    Acquired Immunodeficiency Syndrome/*DRUG THERAPY  Amino Acid Sequence
  46.        Antiviral Agents/*CHEMICAL SYNTHESIS  Base Sequence  Codon  Comparative
  47.        Study  Conserved Sequence  Drug Design  DNA
  48.        Nucleotidyltransferases/BIOSYNTHESIS  DNA-Binding Proteins/BIOSYNTHESIS
  49.        *Frameshift Mutation  *Genes, pol  *Genes, Viral  Human  *HIV Long
  50.        Terminal Repeat  HIV-1/DRUG EFFECTS/*GENETICS  Molecular Sequence Data
  51.        Nucleic Acid Conformation  Proteins/*BIOSYNTHESIS  Reading Frames
  52.        Recombinant Fusion Proteins/BIOSYNTHESIS  Ribosomes/METABOLISM  RNA,
  53.        Messenger/BIOSYNTHESIS/CHEMISTRY  RNA, Viral/*BIOSYNTHESIS/CHEMISTRY
  54.        Sequence Homology, Amino Acid  Support, U.S. Gov't, P.H.S.  Suppression,
  55.        Genetic  Viral Proteins/*BIOSYNTHESIS/GENETICS  JOURNAL ARTICLE
  56.  
  57.        SOURCE: National Library of Medicine.  NOTICE: This material may be
  58.        protected by Copyright Law (Title 17, U.S.Code).
  59.  
  60.